2002 - 2004 (Οκτώβριος) Αριστείδης Πανανός
2004 - 2008 (Φεβρουάριος) Κυριάκος Γριβέας
2008 - 2008 (Οκτώβριος) Γεώργιος Φουντουλάκης
2008 - 2012 (Επανεκλογή) Γεώργιος Φουντουλάκης
2012 - 2016 (Επανεκλογή) Γεώργιος Φουντουλάκης
2016 - 2021 (Επανεκλογή) Γεώργιος Φουντουλάκης
2021 (Μάρτιος) - 2024 (Δεκέμβριος) Ιωάννα Καρυοφύλλη
2024 (Δεκέμβριος) Κωνσταντίνος Σιάχος
Η Εθνική Αθλητική Ομοσπονδία Ατόμων με Αναπηρίες ιδρύθηκε το 2002 με Πρόεδρο τον Αριστείδη Πανανό, πρωτεργάτη του Παραολυμπιακού κινήματος και των δικαιωμάτων των Ατόμων με Αναπηρία στην Ελλάδα.
Την προεδρία της Ομοσπονδίας ανέλαβε από τον Οκτώβριο του 2004 έως τον θάνατο του τον Φεβρουάριο του 2008, ο Κυριάκος Γριβέας, ένας από τους πρώτους Έλληνες Παραολυμπιονίκες.
Τον διαδέχθηκε ο Γιώργος Φουντουλάκης, ο οποίος διετέλεσε πρόεδρος από το 2008 έως τον Μάρτιο του 2021 και υπήρξε ο μακροβιότερος πρόεδρος της Ε.Α.ΟΜ. ΑμεΑ, βάζοντας την προσωπική του σφραγίδα στις επιτυχίες του Ελληνικού Παραολυμπιακού κινήματος και την προβολή αυτού διεθνώς. (Μάρτιος 2021, απεβίωσε).
Από τον Μάρτιο του 2021 στην προεδρεία της Ε.Α.ΟΜ. ΑμεΑ βρισκόταν η Ιωάννα Καρυοφύλλη, η οποία είχε διατελέσει πρώτη πρόεδρος της Ελληνικής Παραολυμπιακής Επιτροπής το διάστημα 2000-2004. Η κα Καρυοφύλλη ήταν η Γενική Διευθύντρια των Παραολυμπιακών Αγώνων του «Αθήνα 2004» και για την εξαιρετική και διαρκή συνεισφορά της στο Παραολυμπιακό Κίνημα, τιμήθηκε ως PARALYMPIC ORDER MEMBER - η υψηλότερη και πιο τιμητική διάκριση που μπορεί να απονεμηθεί από τη Διεθνή Παραολυμπιακή Επιτροπή (IPC) . Από το 2021 εκλέγεται ως μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Παγκόσμιας Aθλητικής Ομοσπονδίας Ατόμων με Οπτική αναπηρία (IBSA).
Τον Δεκέμβριο του 2024 η εκλογική διαδικασία ανέδειξε στην θέση του Προέδρου τον Κωνσταντίνο Σιάχο. Ο κος Σιάχος από την θέση του Γενικού Γραμματέα στα Δ.Σ. τις τετραετίες 2012-2016 και 2016-2021 και από την θέση του ως έφορος εθνικών ομάδων στο διάστημα 2021-2024 καθώς και με την εμπειρία του ως αθλητής - ο ίδιος στο άθλημα της επιτραπέζιας αντισφαίρισης είχε σημαντικό ρόλο στην στόχευση και τον στρατηγικό σχεδιασμό καθώς και την ενίσχυση όλων των αθλημάτων παραολυμπιακών και μη, που καλλιεργεί η Ομοσπονδία.