2002 - 2004 (Οκτώβριος) Αριστείδης Πανανός
2004 - 2008 (Φεβρουάριος) Κυριάκος Γριβέας
2008 - 2008 (Οκτώβριος) Γεώργιος Φουντουλάκης
2008 - 2012 (Επανεκλογή) Γεώργιος Φουντουλάκης
2012 - 2016 (Επανεκλογή) Γεώργιος Φουντουλάκης
2016 - 2021 (Επανεκλογή) Γεώργιος Φουντουλάκης
2021 (Μάρτιος) Ιωάννα Καρυοφύλλη
Η Εθνική Αθλητική Ομοσπονδία Ατόμων με Αναπηρίες ιδρύθηκε το 2002 με Πρόεδρο τον Αριστείδη Πανανό, πρωτεργάτη του Παραολυμπιακού κινήματος και των δικαιωμάτων των Ατόμων με Αναπηρία στην Ελλάδα.
Την προεδρία της Ομοσπονδίας ανέλαβε από τον Οκτώβριο του 2004 έως τον θάνατο του τον Φεβρουάριο του 2008, ο Κυριάκος Γριβέας, ένας από τους πρώτους Έλληνες Παραολυμπιονίκες.
Τον διαδέχθηκε ο Γιώργος Φουντουλάκης, ο οποίος διετέλεσε πρόεδρος από το 2008 έως τον Μάρτιο του 2021 και υπήρξε ο μακροβιότερος πρόεδρος της Ε.Α.ΟΜ. ΑμεΑ, βάζοντας την προσωπική του σφραγίδα στις επιτυχίες του Ελληνικού Παραολυμπιακού κινήματος και την προβολή αυτού διεθνώς. (Μάρτιος 2021, απεβίωσε).
Από τον Μάρτιο του 2021 στην προεδρεία της Ε.Α.ΟΜ. ΑμεΑ βρίσκεται η Ιωάννα Καρυοφύλλη, η οποία είχε διατελέσει πρώτη πρόεδρος της Ελληνικής Παραολυμπιακής Επιτροπής το διάστημα 2000-2004. Η κα Καρυοφύλλη ήταν η Γενική Διευθύντρια των Παραολυμπιακών Αγώνων του «Αθήνα 2004». Από το 2021 εκλέγεται ως μέλος του Δ.Σ. της Διεθνούς Αθλητικής Ομοσπονδίας Τυφλών (IBSA).